长期以来日本政府对包括邪教奥姆真理教在内的各种“新兴宗教”实际上采取了一种自由放任的态度。直到东京地铁毒气案后，日本政府才开始重视对奥姆真理教的治理和打击。

　　（一）完善法律，加强对新兴宗教的管理。1995年11月18日和12月3日，日本参众两院相继通过刘1947年颁布的《宗教法人法》的修正案，从行政和财政两个方面强化了对宗教团体的监督。1999年1月、12月，日本参众两院又相继通过《关于限制进行无差别大量杀人行为团体的法律》和《关于恢复属于特定破产法人的破产财团财产的特别措施法》。这3个法案，为日本政府打击治理奥姆真理教等邪教组织提供了法律基础。

　　（二）迅速打击，施加震摄邪教的心理压力。1995年3月20日东京沙林毒气案发生，3月22日，警视厅就在全国范围内对奥姆真理教25个设施发动了日本治安史上规模最大的搜查行动，出动警察1560名，机动队员1000名，防卫厅也处于24小时随时出动的“备战状态”。日本警方以涉嫌绑架、非法监禁、非法研制麻醉药物、非法制造枪支、杀人和杀人未遂罪等，在全国通缉麻原彰晃及奥姆真理教信徒。最后共逮捕嫌疑犯428人，起诉189人，其中12人被判处死刑，6人被判处无期徒刑。

　　（三）解散“教团”，限制奥姆真理教的活动。1995年10月30日，东京地方法院以扰乱社会治安为由，发布解散奥姆真理教的法令。同年12月，东京地方法院剥夺了奥姆真理教的宗教法人资格。日本公安调查厅把奥姆真理教指定为“调查对象团体”。1996年3月宣布该教团破产。

　　（四）经济制裁，削弱其复苏的经济基础。2001年7月25日，东京地方法院裁定麻原彰晃向松本毒气杀人事件的受害者家属赔偿4.65亿日元（3700万美元），以后又陆续判处麻原彰晃总额达到20亿日元的赔偿。

　　（五）发动舆论，营造抑制奥姆真理教的社会氛围。在日本政府支持下，日本新闻媒体对奥姆真理教等邪教组织的非法行为进行了不间断的跟踪报道，以大量事实揭露其骗财、害命的犯罪真相，提高全社会对邪教的警惕。

　　（六）警民结合，注意发挥民间社团在打击邪教方面的作用。奥姆真理教案发后，日本民众自发组织起来抵制奥姆真理教。长野、崎玉、茨城、山梨、歧阜等县联合成立了防止奥姆真理教联络会，并在社区设立据点。全日本有161个自治团体成立了247个“奥姆真理教对立协会”。他们建立义务监察站，与警察密切配合，24小时监控奥姆真理教信徒的活动。他们反对奥姆真理教在本地区建立据点或购置房产，反对其子女在本地区入学，在街头树立“反对奥姆”的标语，营造一种将奥姆真理教拒之门外的氛围。